最も研究されているモルフォゲンのいくつかは
ショウジョウバエの初期
胚のそれである。ショウジョウバエは通常、初めの13回の
核分裂を
シンシチウム(合胞体)として、各々の核への
細胞膜の形成(
[外部リンク] cellularization)に先駆ける。基本的に14回目の分裂まで、胚は一つの細胞に8000の核が外側の膜の近くへ均等に置かれ、独立した膜がそれぞれの核を覆って独立した細胞を作る。その結果、BicoidやHunchbackといったハエ胚の
転写因子がモルフォゲンとして働く事が可能となる。なぜならこれらは特化した細胞内シグナル系に頼らずとも滑らかな濃度勾配を作ることで核の間を拡散することが自由であるからである。にも関わらず、
ホメオボックス転写因子が直接細胞膜を通り抜けることができる証拠がある。この機構は細胞膜形成したシステム内の形態形成に大きく関与しているとは一般に信じられていない。
ヒト胚やその後のショウジョウバエ胚といった殆どの発生系で、シンシチウムは(
骨格筋の様に)稀であり、モルフォゲンは一般的に分泌されたシグナルタンパク質である。これらのタンパク質は膜貫通
受容体タンパク質の細胞外ドメインに結合し、
シグナル伝達の産生過程をモルフォゲンのレベルを核へ通信するために使用する。