科学テレビは、毎月数千万円の赤字を出し、
1966年には放送時間の大幅な短縮を強いられたが、他の
テレビ局が科学テレビ協力委員会を発足させ、それらの協力を得て、一般的な番組も放送されるようになった。更に、財団形式では、経営などに無理があったので、
1968年に株式会社東京12チャンネルプロダクションを設立した。この際、大阪の
毎日放送が経営に乗り出しており、腸捻転ネットが解消されるまでは東京12チャンネルとネットワーク関係があったほか、
2008年現在でも同局はテレビ東京の大株主に名を連ねている。また水面下では「
毎日放送が東京12チャンネルプロダクションを買収する」という話が進められていたとも言われていたが、結局は実現しなかった。
日本経済新聞社は、
1969年11月1日、経営を引き受け、正式に参加。その後、日経は「科学テレビ」をグループの電波媒体とした。
1973年10月31日に、科学テレビは幕を閉じた。「株式会社東京十二チャンネルプロダクション」は「
株式会社東京十二チャンネル」となり、財団が経営を東京12チャンネルに移行させたとともに、免許も教育局から一般総合局に変わった。「株式会社東京十二チャンネル」は
1981年10月1日に社名を「
株式会社テレビ東京」に変更された。